В статье описывается концепция развития закрытых административно-территориальных образований (ЗАТО). Данная концепция является фрагментом концепции инновационной экономики России. Решение описанных в статье проблем автор видит в системном подходе, включающем общеорганизационные вопросы относительно ЗАТО как в правовом, так и экономическом аспектах, а также и технологическое планирование, рассматриваемое в формате инновационной системы. Предлагается выстраивание базиса под строительство инновационной экономики в формате государственного стратегического планирования атомной промышленности с активным использованием промышленных площадок всей системы ЗАТО.