В статье анализируется модель формирования инновационной экономики в системе коллаборации, основанной на устойчивых связях сетевых партнеров, осуществляющих коллективные действия на базе единой стратегии, общей идентичности и совместных обязательств в аспекте формирования инновационного предпринимательства с целью выбора приоритетных направлений развития науки, техники и критических технологий, которые должны быть нацелены на модернизацию экономики с целью повышения ее конкурентоспособности. Доказано, что коллаборация многократно усиливает производительность имеющихся факторов производства и служит главным механизмом балансирования экономик в условиях глобальной конкуренции. Обосновано формирование инновационного территориального кластера как совокупности агентов, которые устанавливают однородные, многосторонние и регулярно повторяющиеся связи для совместного использования информации и знаний, обмена услугами и получения экономической выгоды с позиции взаимодействия между представителями науки/образования, бизнеса и государства в целях роста инновационного предпринимательства. При успешном развертывании совместных инициатив инновационные территориальные кластеры развивают коллаборацию до того уровня, когда возникает уникальный сетевой эффект инновационной синергии (поточные инновации), что обеспечивает непрерывный рост инновационного предпринимательства.